Java网站开发和App开发是两种不同的开发方式，它们之间有一些区别。
1. 应用场景不同
Java网站开发主要面向的是PC端的网页，也就是在浏览器中打开的网页，它们运行在服务器端，用户通过浏览器访问网站。而App开发则主要面向移动设备，比如手机、平板电脑等，它们需要安装在设备上，用户通过点击App图标来启动应用。
2. 开发语言不同
Java网站开发主要使用Java语言，它是一种跨平台语言，可以在不同的操作系统中运行。而App开发则主要使用一些特定的开发语言，比如Android应用开发一般使用Java和Kotlin，iOS应用开发一般使用Objective-C和Swift。
3. 开发工具不同
Java网站开发需要使用一些Web开发工具，比如Eclipse、IntelliJ IDEA等，还需要一些Web框架，比如Spring、Struts等。而App开发则需要使用特定的集成开发环境（IDE），比如Android Studio和Xcode。
4. 架构模式不同
Java网站开发一般采用MVC（Model-View-Controller）架构模式，将应用程序分为模型、视图和控制器三个部分，实现应用程序的分离和重用。而App开发则采用MVP（Model-View-Presenter）或MVVM（Model-View-ViewModel）架构模式，将应用程序分为模型、视图和处理器或视图、视图模型和模型三个部分，实现应用程序的分离和重用。
5. 用户体验不同
Java网站开发主要面向PC端用户，用户体验相对较差，需要用户在浏览器中输入网址才能访问。而App开发主要面向移动设备用户，用户体验相对较好，可以通过点击图标来启动应用，提供更加便捷的用户体验。
总之，Java网站开发和App开发有各自的特点和优势，开发者需要根据具体的应用场景和需求选择适合自己的开发方式。
